Cada 8 de diciembre se recuerda en la iglesia el aniversario de la desaparición de los “12 de la Santa Cruz”, un grupo de Madres de Plaza de Mayo, activistas de derechos humanos y monjas francesas. El 11/12/2008 Se declaró a la iglesia Monumento Histórico Nacional y Sitio Histórico al predio donde se encuentra ubicada y en donde descansan los restos de Ángela Auad, Esther Ballestrino de Careaga, Mary Ponce de Bianco y Leonie Duquet. Durante los primeros tiempos del terrorismo de Estado, la Iglesia de la Santa Cruz fue lugar de reunión de los primeros grupos de familiares de detenidos desaparecidos. Allí, solía juntarse el grupo fundador de Madres de Plaza de Mayo. Entre los meses de octubre y noviembre de 1977, la Armada se propuso infiltrar este grupo, y el teniente de fragata Alfredo Astiz, bajo el nombre de Gustavo Niño, comenzó a participar en las reuniones de los familiares, alegando ser hermano de un desaparecido. El 5 de octubre, las Madres de Plaza de Mayo publicaron su primera solicitada pidiendo por sus hijos, convirtiéndose en el objetivo principal del Grupo de Tareas de la ESMA. El 8 de diciembre, un grupo de Madres se citó en la iglesia para terminar de armar su segunda solicitada. Astiz se retiró de la reunión señalando con un beso a las personas a las que se debía desaparecer. Un operativo a la salida a María Eugenia Ponce de Bianco, a Esther Ballestrino de Careaga, a Alice Domon, a Raquel Bulit, a Patricia Oviedo, a Ángela Auad de Genovés y a Gabriel Horacio Horane. Al día siguiente, en el marco del mismo operativo, secuestraron en su hogar a Remo Berardo y, en la vía pública a Horacio Elbert y a José Julio Fondevilla. EL sábado 10 de diciembre, salió en el diario La Nación “Por una navidad en paz, sólo pedimos la verdad”, la segunda solicitada de las Madres, que a instancias de la insistencia de Azucena Villaflor las Madres decidieron publicar, aun sabiendo de las desapariciones de los días anteriores. Ese mismo día fue secuestrada Léonie Duquet, monja francesa. Ese mismo día desapareció Azucena Villaflor, a metros de su casa, mientras quería comprar el diario. Las doce personas desaparecidas fueron llevadas a la ESMA y fueron víctimas de los llamados “vuelos de la muerte”.